Kişiye Özel Kök Hücre Üreterek Birçok Hastalığın Tedavi Edilmesi İçin Çalışmalarını Sürdüren Biyolog Yrd. Doç. Dr. Tamer Önder

Biyologlar, bilimsel araştırmaların temelini oluşturacak başarılı çalışmalara imza atmaya devam ediyor. Özellikle Amerika’da bilimsel araştırmaların yapılması için büyük destek sağlanıyor. Bilim bir iş olmaktan çıkıp bir yaşam stili halini alıyor. Ülkemizde bilimsel çalışmaların yapılması için hem doğru yolun izlenmesi hem de maddi desteğin sağlanması için büyük adımların atılması gerekiyor. Bilim insanları, gereksiz prosedürler ve kadro endişesi duymadan işlerine odaklanıp büyük buluşlara imza atmak istiyor. 

Uluslararası alanda başarılı çalışmalar yaparak 2012 yılının Haziran ayında Türkiye’ye kesin dönüş yapan Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim dalı Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Tamer Önder, kök hücre ve kanser üzerine çalışmalarına devam ediyor. 

Doktora hocası Prof. Robert Weinberg’in bilimsel konularda özgün düşünmeyi ve detaylara takılmadan gerçekten önemli sorulara cevap verecek deneyleri tasarlamayı öğrettiğini belirten Önder, Pluripotent Kök Hücreleri (iPS) kişiye özgü bir şekilde üretmek ve bu kök hücrelerin oluşumunu moleküler düzeyde anlamayı hedefliyor. 

Kök hücre alanında çalışmaları hakkında bilgilerini paylaşan Biyolog Yrd. Doç. Dr. Tamer Önder, Med-Index Yayın Yönetmeni Esra Öz’e araştırmalarını, hedeflerini ve biyolog olmanın ayrıcalıklarını anlattı.

Çalışmalarımız kök hücrelerin oluşumunu anlamaya yönelik. Kök hücreler, hem kendilerini yenileyebilir hem de vücuttaki diğer hücrelere dönüşebilirler. Bu özelliklerinden dolayı kanserden diyabete kadar pek çok hastalığın tedavisinde kullanılabilecekleri düşünülüyor. Ancak hastalık tedavisinde kullanılacak olan kök hücrelerin kişiye özgü olmaları gerekir. Çalışmalarımızın temel amacı kök hücreleri kişiye özgü bir şekilde üretmek ve bu kök hücrelerin oluşumunu moleküler düzeyde anlamak. Bu çalışmalar sayesinde tedavi amaçlı kök hücrelerin üretiminin verimli ve güvenli bir şekilde yapılmasını hedefliyoruz. Orta vadede Parkinson hastalığı, omurilik yaralanmaları, kan sistemi hastalıkları ve diyabet gibi pek çok hastalığın tedavisinde kişiye özgü kök hücrelerden üretilen yetişkin hücrelerin kullanılacağını düşünüyoruz.

1980 İstanbul doğumluyum. Liseyi Robert Kolej’de okuduktan sonra moleküler biyoloji ve genetik alanında lisans eğitimini ABD’de Cornell Üniversitesi’nde 1998-2002 yılları arasında tamamladım. Doktoramı ise 2002-2008 yılları arasında Massachusetts Institute of Technology’de (MIT) dünyaca ünlü kanser araştırmacısı Prof. Robert Weinberg’in yanında yaptım. Daha sonra Harvard Üniversitesi Tıp Fakültesinde Prof. George Daley ile birlikte kök hücreler üzerine post-doktora çalışmaları yaptım. Kanser ve kök hücreler hakkındaki araştırmalarım PNAS, Cell ve Nature gibi dünyanın sayılı bilimsel dergilerinde yayınlandı. Bu konularda iki tane de patent sahibiyim. 14 sene Amerika’da yaşadıktan sonra Türkiye’ye dönmeye karar verdim ve Haziran 2012’de Koç Üniversitesi Tıp Fakültesine öğretim üyesi olarak katıldım. Evliyim, eşim Tuğba Bağcı Önder ile de Boston’da doktoralarımızı yaparken tanışmıştık. Kendisi de bir moleküler biyolog ve şu anda o da Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde öğretim üyesi.

 

Robert Kolej bana göre Türkiye’nin çok önemli ortaöğretim kurumlarından birisi. Bilinçli ve ne istediğini bilen öğrenciler yetiştirdiğine inanıyorum. Benim bilime olan ilgim Robert Kolej’de aldığımız fen dersleri sayesinde başladı. Orta birden itibaren laboratuvarlarda deney yapmaya başladık ve mezun olduğumuzda DNA’yı agaroz jelinde yürütmekten, kobay embriyosu diseksiyonuna kadar pek çok işlemi öğrenmiştik. Robert Kolej’i diğer liselerden ayıran bir başka özellik ise bizi üniversite eğitimi için yurt dışına yöneltmesiydi ki bu benim için çok yararlı oldu. O zamanlar daha çok yeni olan moleküler biyoloji alanında en iyi eğitimi Amerika’da alabileceğimi düşünüyordum. Bu nedenle Cornell Üniversitesi’ne başvurdum. Cornell büyük bir araştırma üniversitesi ve orada ikinci sınıftan itibaren değişik alanlardaki hocaların laboratuvarlarında çalışma imkanı buldum. Araştırma deneyimim ve hocalarımdan aldığım referanslar sayesinde Massachusetts Institute of Technology (MIT)’nin doktora programına kabul edildim. Oradaki eğitim, araştırma imkanları ve bilim ortamı dünyanın belki de en iyisi. Doktora hocam Prof. Robert Weinberg bana bilimsel konularda özgün düşünmeyi ve detaylara takılmadan gerçekten önemli sorulara cevap verecek deneyleri tasarlamayı 

öğretti. Doktora sonrasında ise kök hücre araştırmalarını öğrenmek için Harvard Tıp Fakültesi’nde Prof. George Daley’in grubuna katıldım. Koç Üniversitesi’ni seçmemdeki en önemli etkenler ise araştırmaya verilen önem, sağlanan imkanlar, öğretim üyelerinin ve öğrencilerin kalitesi oldu. 

Bu karşılaştırmayı şu anda yapmak aslında çok doğru değil. Amerika’da yıllardır oturmuş bir sistem var, araştırmaya verilen önem çok büyük. Örneğin Harvard Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde hekimler ve biyologlar iç içe çalışıyor ve ortak projeler üretiyorlar yıllardır. Laboratuvar alt yapıları çok gelişmiş ve en önemlisi çalışma iş gücü konusunda muazzam bir bolluk var. Lisans, lisansüstü ve doktora öğrencilerinin yanında bir de araştırmanın temelinde post-doktora araştırmacıları var. Bunun dışında teknisyenler ve özelleşmiş personel de hizmet veriyor projelerde. Her milletten araştırmacının birlikte çalıştığı uluslararası bir ortam var. Araştırmacılar bir amaca hedeflenip gerekirse tüm gününü laboratuvarda geçirebiliyor. Amerika’daki kurumlarda, bilim bir iş olmaktan çıkıp bir yaşam stili olmuş durumda. 

Türkiye bana göre moleküler biyoloji alanında çok zeki ve çalışkan lisans öğrencileri yetiştiriyor, yani eğitim alt yapısını teorik anlamda çok iyi verebiliyor. Ben Amerika’da iken kısa dönemli ziyaretçi öğrencilerle çalıştım çok defa. Türkiye’nin Hacettepe, Bilkent, ODTU gibi iyi kurumlarında yetişmiş bu öğrenciler gerçekten hep çok meraklı, disiplinli ve becerikliydi. Her ortamda kendilerini çok iyi ifade edebiliyorlardı. Fakat Türkiye’de eksik olan işte bu öğrencileri araştırmaya yönlendirebilecek ve dünya çapında projelerde istihdam edebilecek lisansüstü programların az sayıda olması. 

Ayrıca henüz doktora sonrası araştırmacı (post-doktora) konsepti Türkiye’de oturmuş durumda değil. Yani tüm eğitimini tamamlamış ve öğretim üyeliğine geçmeden önce kendini yetiştirmeye ve özgürce araştırma yapmaya odaklı insan sayısının azlığı bence önemli bir problem. 

Araştırma fonu veya bütçesi konusunda ise Türkiye şu anda iyi durumda. Amerika’da veya Avrupa’da eskiden beri var olan “grant” sistemi artık ülkemizde de TÜBİTAK’ın girişimleri sayesinde oluşmuş görünüyor. Benim gibi yurt dışından gelmiş genç araştırmacıların laboratuvarlarını kurmalarına ve proje yürütmelerine katkı sağlayan grant’lere başvurmak artık mümkün. Dolayısıyla ekonomik anlamda araştırma bütçesi konusunda eskisi kadar çok sıkıntı çekilmediğini görüyorum ülkemizde. Fakat araştırmada kullanılacak olan giderler, cihazlar gibi aletler yurt dışından ithal ediliyor ve çok uzun zamanda ve yüksek maliyette bizlere ulaşıyor. Aracı firmalarla çalışma zorunluluğu hep var, yani henüz kendi kendine yetebilen ve bağımsız bir araştırma döngüsü mevcut değil ülkemizde. Ama inanıyorum ki bundan bir süre sonra bu sistemler de yerine oturmuş olacak Türkiye’de. 

Koç Üniversitesi inanılmaz bir araştırma vizyonuna sahip ve bu konuda öğrencelerine ve öğretim üyelerine çok büyük destek sağlayan bir üniversite. Hem lisans hem de lisansüstü eğitime büyük önem veriyor ve öğrencilerini ilgilendikleri konuları keşfetmeye ve bu konularda daha fazla öğrenmeye yönlendiriyor. Örneğin şu anda çalışmakta olduğum Tıp Fakültesi’nin öğrencileri üniversite sınavlarında üstün başarılar elde ederek gelmişler üniversitemize. Türkiye’nin çok seçkin ve zeki öğrencileri onlar. Standart tıp dersleri dışında aynı zamanda tüm üniversite öğrencilerinin aldığı ortak dersleri de alıyorlar değişik fakültelerden. Bunun dışında araştırma yapmaya teşvik ediliyorlar. Örneğin, öğrencilerimizin birçoğu boş zamanlarında, bizim laboratuvarlarımızda araştırmalarımıza katkıda bulunuyor. Hatta yazları yurt dışında araştırma olanaklarından faydalanan öğrencilerimiz de mevcut. Yani eğitimleri sırasında onların önüne çok güzel bir yol çiziliyor ve çok yönlü yetişiyorlar. Bence, Koç Üniversitesi bu konuda dünya çapında bir vizyona sahip olması açısından gelişmiş ülkelerdeki birçok üniversite ile karşılaştırılabilir. Üniversitemizin gelecekte ismini dünya çapında daha da çok duyuracağına inanıyorum.

Biyoloji eğitimi almakta olan öğrencilere ilk önerim şu: Sevdiğiniz bir alanda olduğunuzdan emin olun ve sabırlı olun. Çünkü biyoloji araştırmalarının hemen hemen hepsi, canlılığı araştırmayı içerdiğinden, çok değişken sonuçlar verebiliyor ve birçok deneyi tekrar tekrar yapmamız gerekebiliyor. Yani hayal kırıklığının çok yaşanabildiği bir alan aslında biyoloji. Fakat üzerinde 2 sene uğraşıp da sonunda ortaya çıkardığınız bir buluş sizi gerçekten yaptığınız işe bağlıyor. Öğrencilere diğer önerimse şu: Amaçlarınızı belirleyip peşinden gidin, yazları staj imkânları bulmaya çalışın, boş vakitlerinizi araştırma yapmaya ayırın, ilgi alanlarınızı belirlemek için kendinize imkanlar yaratın, bir tek yolda takılıp kalmayın. Eğer akademisyen olarak hayata devam etmek istiyorsanız, bunun bir iş değil bir yaşam stili olduğunu unutmayın. Okumanın, öğrenmenin hiç bitmediği bir yaşam sizi bekliyor.

Genel bilim dergileri olan Nature, Cell ve Science dışında kök hücreler üzerine özelleşmiş olan Cell Stem Cell ve Stem Cells’i takip ediyorum. 

En başta Pubmed geliyor (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/), buradan her türlü makaleye ulaşmak mümkün. Genom taraması için genome browser (http://genome.ucsc.edu/), kök hücreler üzerine genel bilgiler için ise Stembook’tan yararlanıyorum (http://www.stembook.org/). 

Moleküler biyolojinin temelleri için Alberts ve arkadaşlarının yazdığı Molecular Biology of the Cell’i, kanser konusunda ise doktora hocam Robert Weinberg’in yazdığı The Biology of Cancer’i tavsiye ederim. Kök hücre alanında belli başlı bir kitap henüz yok ama bahsettiğim Stembook güzel bir kaynak. 

Richard Dawkins’in Gen Bencildir (The Selfish Gene) kitabı ortaokul yıllarımda Türkçesi TÜBİTAK yayınlarından çıktığında büyük bir zevkle okuduğum ve bence genetik bilimi ile ilgilenen herkesin okuması gereken kitap. Bunun dışında Steven Pinker’in Blank Slate ve How the Mind Works adlı kitaplarını da tavsiye ederim. Koç Üniversitesi sosyal anlamda çok zengin, her hafta tiyatro veya konser gibi bir etkinlik oluyor. Üniversitenin çok da güzel bir spor salonu var. Zaman oldukça yararlanmaya çalışıyoruz. 

Bir akademisyen ve bir biyolog olarak Türkiye’de daha çok yeniyim. Dolayısıyla bu soruları cevaplayabilecek kadar kişisel deneyime sahip değilim. Ama gözlemlerime dayanarak söyleyebilirim ki biyolog olmak ya da herhangi bir temel bilimle uğraşıyor olmak, genelde uzun yıllardır ülkemizde çok desteklenen ve özendirilen bir şey değilmiş. Oysa gelişmiş ülkelerde bilimle uğraşmak çok imrenilen ve prestijli bir şeydir. Herkesin yapabildiği bir iş değildir, gerçekten araştırmaya gönül vermiş insanların seçtiği bir patikadır. Umarım önümüzdeki yıllarda temel bilimlere bakışımızda olumlu gelişmeler olur ve bu konular ile ilgili bilim insanlarının önü açılır. 

Bence ülke dışında tahsil yapmak bir bilim insanına çok şey katıyor. Bilimin evrensel olduğunu, dünyada ne gibi çalışmalar yapıldığını ve değişik kültürlerin bilime nasıl yaklaştığını görebiliyorsunuz yurt dışında. Yani vizyon sahibi oluyorsunuz, aldığınız deneyim sadece bilimsel eğitiminize değil, aynı zamanda kişisel gelişiminize de katkı sağlıyor. Dolayısıyla bence kısa süreli de olsa dışarıda tahsil yapmak ya da bir araştırma deneyimi kazanmak gerekiyor. 

Her şeyden önce büyük projeler için araştırma bütçeleri daha fazla olmalı. Örneğin hâlihazırda kurulu laboratuvarlarımızda yapabileceğimiz araştırmalar için fon bulmamız mümkünken, yeni ve büyük bir projeye başlamak için gereken bütçeyi bulmamız çok daha zor. Bu konuda yine TÜBİTAK’ın girişimleri olduğunu görüyorum ve daha da iyi olacağına eminim. Bunun dışında biyolog veya diğer temel bilimlerle uğrasan araştırmacıların hayat kalitelerinde biraz daha artış olması gerektiğine inanıyorum. Yani, sadece eğitimle ilgilenen ve araştırma yapmayan bir öğretim üyesiyle hem eğitim verip hem de birçok projeyi yürüten bir öğretim üyesinin aynı şekilde değerlendirilmesi doğru değil. Dolayısıyla bence araştırma yapan bilim insanlarını daha çok teşvik ve motive eden sistemlerin oluşması gerekiyor. Bir de araştırma enstitüsü dediğimiz, sadece araştırmayla ilgilenen bilim insanlarının çalışabileceği ortamların da artması iyi olacaktır. 

2006 yılında Japon araştırmacı Shinya Yamanaka’nın geliştirdiği bir yöntem ile vücudun herhangi bir hücresinden kök hücre üretmek artık mümkün. Bu buluş sayesinde Yamanaka geçtiğimiz yıl Nobel Tıp ödülünü aldı. Onun bulduğu yöntem ile oluşturulan hücrelere indüklenmiş Pluripotent Kök Hücreler (induced pluripotent stem cell – iPS) diyoruz. İPS hücreleri değişik hastalıkları olan insanların dokularından da üretilebileceği için hastalığa özgü kök hücre elde edilmesine imkan veriyorlar. Böylelikle iPS hücreleri kullanılarak hem laboratuvar ortamında hastalık modellenmesi yapılabilecek hem de bu hücrelerin farklılaştırılması sonucunda hücre bazlı tedaviler için hastaya özgü hücreler üretilmesi mümkün olabilecek.

İPS hücrelerinin klinik kullanımının önündeki engellerin başında güvenlilik sorunu geliyor çünkü mevcut yöntemlerde bu hücreleri oluşturmak için virüsler kullanılıyor. Bu virüslerin daha sonra hastaya verilecek olan hücreleri kansere dönüştürme riski var. Bizim temel amaçlarımızdan bir tanesi bu kök hücrelerin üretiminde virüs yerine kullanılabilecek ve kanser riski yaratmayacak kimyasal maddeleri bulmak. Bunun için de iPS hücrelerinin oluşumunda hangi genlerin önemli olduğunu bulmaya yönelik deneyler yapıyoruz. Bir diğer amacımız da Türkiye’de görülen genetik ve kompleks hastalıklara özgü iPS kök hücre modelleri oluşturmak. Bunun için de klinisyenler ile beraber çalışıp hastalardan deri örnekleri alıp buradan elde ettiğimiz hücreleri iPS hücrelerine dönüştürüyoruz. 

Çalışmalarımızı Koç Üniversitesi Tıp Fakültesindeki laboratuvarlarımızda yapmaya başladık. Araştırmalarımız EMBO, Avrupa Birliği Marie Curie programı, TÜBİTAK projeleri ve Tıp Fakültesi’nin sağladığı fonlarla desteklenmekte. Şu anda benimle beraber bir doktora öğrencisi ve beş tane de lisans öğrencisi çalışıyor. Önümüzdeki dönemde doktora öğrencilerinin sayısının artacağını umuyorum çünkü, bütün araştırma gruplarında projeleri esasen onlar yürütürler.

Eğer bir toplantı ya da ders yoksa sabah gelir gelmez laboratuvara girmeye çalışıyorum. Bir önceki günün deneylerinin sonuçlarını bir an evvel görmek için. Eğer deneyler çalışmış ise bir sonraki adımda ne yapacağımızı planlıyoruz, yeni bir deney ya da prosedür uygulanacaksa öğrencilere bunları öğretiyorum. Ancak çoğu kez deneyler çalışmamış oluyor o zaman da bunun nedenlerini düşünüp farklı ne yapabiliriz diye tartışıyoruz. Günün bir kaç saati ise rutin bazı işlerle geçiyor, örneğin kök hücreler çok kırılgan hücreler, her gün yakından incelenmeleri ve beslenmeleri gerekiyor. Haftanın iki üç günü en az birer saat de makale okumaya ayırmaya çalışıyorum, bizimkisi gibi çok ilerleyen bir alanda güncel gelişmeleri takip edebilmek için bu şart.